香港中文大学生物医学工程硕士课程由生物医学工程学系开设。课程邀请了来自医学院，生命科学学院和工程学院的教授授课，内容涵盖了生物科学、医学及工程等一系列的重要课题，其中包括生物化学技术、生物信息学、生物力学、生物纳米技术、医学成像、康复、假肢、医疗器械和医疗器械监管等。学生可在课堂上接触到不同范畴的专业人士，从而获取最新资讯及技术内容。 香港中文大学生物医学工程硕士课程旨在在医疗仪器、生物感测器、生物资讯、生物材料、医学生物科技的广阔领域中，培育一群受良好培训的生物医学工程师做先驱，以及在生物医学工程学里栽培未来的领袖。