香港大学医学硕士学位课程旨在提供基础医学和临床医学方面的结构化训练，让香港及其它亚太地区的毕业生们有能力从事专业研究、实践或教学工作，以满足其职业生涯发展和个人发展。除此之外，课程在临床前和临床研究之间起到桥梁作用，从而促进基础医学和应用医学基础的一体化训练。
香港大学医学硕士学位课程设置是模块化的，学生可以选择自己感兴趣的课程模块来满足自身需求，从而更好的迎合个人发展与职业抱负。通过香港大学医学硕士学位课程的学习，科学工作者和临床医生将深入掌握医学某一具体领域的专业知识，可以更加有效地投入生物医学教学、研究工作和技术服务工作中去。